学科竞赛是我校“幸福教育”课程体系重要的组成部分，是学生个性化发展和优生培养体系不可或缺的部分。建校以来，多人次在五大学科奥林匹克竞赛中获省赛区一、二、三等奖，5000多人次在各级各类竞赛中获奖，学校多次获国家及省市级优秀组织单位，为我校高考成绩的稳步提升和学校品牌的打造奠定良好基础。
2020年起，教育部开始实施基础学科招生改革试点，也称强基计划，主要是为了选拔培养有志于服务国家重大战略需求且综合素质优秀或基础学科拔尖的学生。2022年，在上海新纪元教育集团董事长陈伟志先生的战略谋划下，确定瑞安新纪元高中作为集团学科竞赛孵化基地校，做强做大学科竞赛，做精做好强基计划，打造培育样板，辐射全集团各所高中。在董事长的战略定位下，由上海新纪元教育集团牵头组建瑞安市上海新纪元高级中学学科竞赛教练队伍。目前我校竞赛教练共20多人，其中已确定签约的学科金牌教练共有9人，清华和北大本科或硕士毕业的教练4人，另聘用语文、英语等学科全国知名强基辅导专家9人，共同组成瑞安市上海新纪元高级中学学科竞赛名师战队，该团队由集团副总裁陈总负责，上海新纪元教育集团副总裁、瑞安总校校长叶绍胜领导，瑞安市上海新纪元高级中学校长夏克链和常务副校长郑永勇直接管理。
目前，瑞安市上海新纪元高级中学学科竞赛已经形成“三位一体”式的“三师辅导”模式：金牌竞赛教练专题辅导+清北名校教练日常辅导+学科强基教练集训辅导，强强联手，层层递进，形成集团与学校、线上与线下、集团专家与学校教练、分类目标与分层培训相结合的辅导模式。
校内设有竞赛学生自主学习和研讨的专用一体化远程教室，让每一位学科特长生有一个相互讨论借鉴的独立空间，共同深度学习，共同提升。